Hallo,
wenn Du die Seerose anständig pflanzt, sollte da nichts passieren. Außerdem kannst Du den Koi ja genug Kies geben, mit dem sie rumspielen können.
Und nein, die Seerose nur in Kies zu setzen, reicht nicht. Zumindest, wenn sie wachsen und blühen soll.
Hier findest Du noch ein paar Tipps - einfach mal lesen: https://www.hobby-gartenteich.de/xf/threads/24339